酒精發酵是啤酒釀造過程中最關鍵的一步，已經存在于麥汁中的啤酒的所有潛在質量，將在這一步表露出來，或者消失。發酵結束前出現發酵困難或發酵中止的現象時有發生。
 
造成這種現象的原因有：
 
麥芽汁營養不夠，低聚糖含量過高，α－氨基氮不足，酸度過高或過低
麥汁組成會直接影響酵母的生長和雙乙酰的降解，充足的α氨基氮有利于酵母的繁殖。當麥汁含有足量α-氨基氮和易發酵的碳水化合物，通過合成途徑形成的高級醇量就少（麥汁中α氨基氮含量以控制180±20mg/L較合適）。若輔料比太大或加蔗糖多，會使麥汁中α-氨基氮缺少，導致高級醇增加。
在麥芽汁制備過程中，要加強蛋白質的水解，適當降低蛋白質分解溫度，并延長蛋白質分解時間。糖化時要適當調整糖化溫度，加強低溫段的水解，保證足夠的糖化時間，并調整好醪液的PH值。
 
酵母凝聚性強，造成早期絮凝沉淀
如果酵母凝聚性過強，酵母易于沉降，主發酵會過早結束，較多的浸出物進入后酵階段，這會導致發酵不充分，嚴重的還會造成啤酒的穩定性問題。相反，如果酵母的凝聚性能較差，則會有過多的酵母進入后酵，使啤酒產生酵母味。
可以通過增加麥汁通風量，調整發酵溫度，待糖度降到接近最終發酵度時再降溫以延長高溫期，改進酵母的凝聚性能。或采用分離凝聚性較弱的酵母菌株解決這一現象。
 

酵母退化，發生突變導致不降糖
酵母接種時的狀態與前期使用情況有關。酵母使用連續幾代后，因缺乏與氧的接觸而產生不良的累積效應，使發酵度逐步下降。而且連續使用的代數愈多，下降幅度愈大。例如，酵母連續3代在只含0.5mg/L溶解氧的條件下發酵，其外觀發酵度分別為67%，65.5%，44%，發酵后的高級醇類、酯類、連二酮等物質的含量也會出現不正常。如果是因酵母退化，發生突變導致不降糖所致，可以采用更換新的酵母菌種來解決。
 
酵母自發突變，產生呼吸缺陷型酵母所致
呼吸缺陷型酵母菌是野生型酵母菌的突變菌株，其線粒體功能喪失，只能進行無氧呼吸。如果是由酵母自發突變，產生呼吸缺陷型酵母所致，可以從原菌種重新擴培或更換菌種。